Chùa Lân nằm trên một quả đồi có hình dáng một con lân nằm phủ phục.

Chùa Lân là địa điểm vua Trần Nhân Tông đã dừng chân trước khi lên Yên Tử tu hành.Năm 1293 Kỷ Hợi , vua Trần Nhân Tông đã cho tôn tạo, xây dựng chùa Lân thành một nơi khang trang lộng lẫy, chùa Lân trở thành Viện Kỳ Lân, là nơi giảng đạo, độ tăng. Ba vị sư tổ Trúc Lâm là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang thường đến đây thuyết pháp, giảng kinh. Chùa Lân xưa kia là một trong những ngôi chùa quan trọng nhất trong hệ thống chùa tháp của Thiền phái Trúc Lâm.

Trong hệ thống chùa tháp ở Yên Tử, chùa Lân là ngôi chùa quan trọng chỉ đứng sau chùa Hoa Yên, nơi có nhiều vị cao tăng đã trụ trì, thuyết pháp, trong đó vua Trần Nhân Tông đã từng giảng đạo tại đây. Trong Tam tổ thực lục, cuốn sách ghi chép về hành trang của ba vị sơ tổ Trúc Lâm, có phần chép khá tỉ mỉ bài giảng của Trần Nhân Tông tại Viện Kỳ Lân ngày mùng chín tháng Giêng năm Bính Ngọ (1306). Ngài thuyết pháp và trực tiếp trả lời các câu hỏi của sư môn. Theo các tài liệu phật giáo, chỉ có hai bài giảng của Trần Nhân Tông được chép lại, bài thứ nhất giảng tại chùa Sùng Nghiêm (Chí Linh - Hải Dương), bài thứ hai giảng tại Viện Kỳ Lân. Đệ nhị Tổ Pháp Loa và Tam tổ Huyền Quang cũng thường đến đây thuyết pháp, giảng kinh.

Chùa Lân nằm trên một quả đồi có hình dáng một con lân nằm phủ phục. Hiện thời ngõ chùa Lân vẫn còn lưu dấu tích xưa, ngõ dài, rộng, hai bên có nhiều tháp mộ các nhà sư.

Các công trình chính của chùa gồm Chính điện, Nhà thờ Tổ, Lầu trống, Lầu chuông, Nhà tăng, La Hán đường… Bài trí trong chùa đơn giản, dùng ngay chữ quốc ngữ trên các hoành phi, câu đối.

Trong toà Chính điện có tượng đồng Thích ca mâu ni nặng gần 4 tấn. Sau Chính điện, trước nhà thờ Tam tổ Trúc Lâm có tượng Bồ Đề Đạt Ma làm bằng gỗ dáng hương có nguồn gốc từ Nam Mỹ, tượng cao 3,2m, bệ đỡ cao 0,65m, chiều rộng bệ đỡ 0,95m, nặng khoảng 3,2 tấn với những đường nét chạm khắc tinh tế.

Trước sân Thiền viện đặt một quả cầu Như ý báo ân Phật bằng đá hoa cương đỏ, đường kính 1,590m, trọng lượng 6,5 tấn được lấy từ mỏ đá An Nhơn, tỉnh Quy Nhơn. Quả cầu được đặt trên một bệ đá có tiết diện vuông, nặng 4 tấn, bên ngoài là bể nước hình bát giác với tám bồn hình cánh hoa bao quanh tượng trưng cho bát chính đạo. Quả cầu đã được trung tâm Sách kỉ lục Việt Nam xác định: Quả cầu Như ý lớn nhất Việt Nam.Phía bên trái tháp thiền viện có một cây đa cổ thụ bảy trăm năm tuổi, cành lá sum xuê tươi tốt. Đứng dưới gốc đa cổ thụ du khách không khỏi bồi hồi về những dấu tích người xưa để lại và sự trường tồn của đạo pháp dân tộc.

Trong La Hán đường có bộ tượng gỗ mười tám vị La Hán được chạm khắc tinh tế, đủ các dáng điệu tư thế và lai lịch của từng vị.Chùa Lân được Hòa Thượng Thích Thanh Từ cho khởi công xây dựng lại ngày 15-8-2002 và tổ chức khánh thành ngày 14-12-2002.Lễ cúng dường được tổ chức vào ngày 06-7-2005 ( 1 /6/ năm Ất Dậu ).